Cuando Mishiro era pequeño, la mitad de su alma fue devorada por una deidad dentada. Desde entonces ha tenido que lidiar con unos espíritus llamados kotowari que residen en la oscuridad de las almas de las personas que están relacionadas con él, por muy lejanas que sean.
Los kotowari son fragmentos de alma creados a partir del sufrimiento de una persona y normalmente sólo pueden ser vistos, oídos y tocados por ese individuo. Incluso si el kotowari es destruido, seguirá reapareciendo a menos que se resuelva la causa del sufrimiento. Poco después de trasladarse a una escuela en una ciudad turística cargada de historia, Mishiro se encuentra con un kotowari y decide buscar a su dueño.
Sin embargo, no hay un solo kotowari, ya que muchas otras chicas albergan su propio sufrimiento.